Quién lo diría, pero al año siguiente, encontrándose en una gira, en las que había visitado con sus estudiantes Chile, Bolivia y Perú, se hallaba el domingo 21 de mayo de 1950 en la penúltima ciudad de visita, Cusco, cuando a la 1:39 de la tarde se produjo un fortísimo terremoto. Fue un evento muy destructor que ocasionó la muerte de unas 1.500 personas, miles de heridos y daños en más de la mitad de los edificios de la ciudad. No hubo más muertos porque, al ser un día festivo, muchos se hallaban fuera de sus casas, y más de 10.000 personas espectaban en el estadio un partido de fútbol del Cienciano, equipo local.

El Dr. Crespo juntó a sus alumnos y, tras comprobar que todos estaban físicamente bien, les propuso organizarse para atender a los heridos en la catástrofe. Los organizó en brigadas y salieron de inmediato a las calles, siendo el primer contingente médico que atendió a los heridos. Viendo que se hacía necesario, el Dr. Crespo organizó también un banco de sangre, para recibir donaciones, las primeras de los propios estudiantes de medicina de Cuenca, para poder hacer transfusiones a los heridos graves que lo necesitaban.

Crespo y sus pupilos se multiplicaron e, incluso, trabajaron con las autoridades para organizar con el personal municipal el levantamiento de los cadáveres y su entierro, así como el establecimiento de un campamento de carpas en la avenida Prado, porque gran parte de la población había perdido sus casas.

Cuando al día siguiente llegó de Lima un contingente de médicos y enfermeras, presididos por el ministro de Salud y Obras Públicas del Perú, coronel Alberto López, y comprobó asombrado el trabajo humanitario que estaban haciendo el Dr. Crespo y sus estudiantes, les agradeció efusivamente, como lo hizo el propio presidente peruano Manuel Odría, que llegó el 23. Ese día, y tras 48 horas extenuantes, el grupo de la Universidad del Azuay aprovechó un transporte militar, porque las aerolíneas comerciales suspendieron sus vuelos, y emprendió viaje de regreso a Cuenca, vía Lima y Guayaquil.